Сиба-ину – древнейшая азиатская порода собак. По оценкам исследователей, история подвида насчитывает более трех тысячелетий. Об этом свидетельствуют археологические раскопки курганов эпохи Дзёмон(Jomon). Найденные археологами глиняные находки  предполагают, что собаки жили с людьми еще в каменном веке.
Предполагается, что в 3 веке до н.э. древними переселенцами из Кореи в Японию, предками народа айну, были привезены свои собаки. Результатом скрещивания которых с местными собаками, закрепился современный облик Сиба Ину, собаки со стоячей формой ушей и свернутым на спине хвостом.

От японской аборигенной собаки образовалось шесть различных пород трех размеров. Собака большого размера -Акита, среднего — Кисю, Хоккайдо, Сикоку, Кай, и собака маленького размера —  Сиба.
Порода изначально разводилась для охоты на мелкую дичь и птиц. Окрас Сиба Ину напоминает золотисто — красные осенние листья, отсюда, наверное, название “Сиба”- в переводе с японского это означает «маленькая собака из заросшего кустарником леса». В названии хорошо прослеживается назначение породы- поднимать дичь в густых зарослях кустарника. Но не смотря на свой не большой рост , собаки использовались и для охоты на крупного зверя: оленя, кабана, медведя.

С 1603 по 1868 гг, в период правления сёгуна Токугава, страна была закрыта для иностранцев. В то время собаки использовались как компаньоны, и помощники в охоте. В этот период, каждый регион был изолирован друг от друга, что привело к развитию своей собственной культуры, диалекта, и многого другого, в том числе и породы собак. Как результат, в каждом территориальном округе Японии (префектурах), образовались разновидности Сиба, с имеющими ощутимые различия в фенотипе собаки, а так же с разными названиями, соответствующими названиям поселений – Сан-ин Сиба, Мино Сиба, Каваками Сиба, Секишу кен, Син-сю Сиба и другие.

Современная Сиба Ину была создана на основе трех национальных японских пород собак: Сан-Ину, Син-сю, и Мино.

Сан-ин Сиба была распространена в префектурах Симанэ и Тоттори.  Несколько крупнее Сиба, черно-белая , пятнистая, без белых частей на щеках. Так же окрас мог быть и бледно-рыжим. Характер этих собак был независимым.

Син-сю Сиба– в большинстве своем собаки рыжевато -красного окраса, с мягким и пушистым подшерстком и игольчатой остью. Эти собаки были распространены в префектуре Нагано.

Мино Сиба- порода, наиболее близкая к современной Сиба Ину : темно-красная шерсть, маленькие стоячи уши и темно-коричневые треугольные глаза. Эта разновидность обитала в районе Гифу.
После периода правления Токугавы, в 1862 году Япония была открыта для иностранцев, которыми было завезено огромное количество собак западных пород, таких как— английские сеттеры, легавые, чау-чау. Японские охотники активно вязали Сибу с привозными породами, и чистокровные Сибы стали редкостью. К 1926 году всем коренным породам Страны восходящего солнца стало грозить исчезновение. В 1928 году Япония всерьез обеспокоилась исчезновением аборигенных собак. Чистокровных собак начали искать по всей стране, чтобы начать программу разведения.
5 мая 1928 года группа любителей японских собак, во главе специалиста по японским породам доктором Хирокити Саито при поддержке правительства с одобрения доктора Ватанабе (члена Ассоциации по охране природных памятников) основали Общество по сохранению аборигенных японских пород — НИППО (Nihonken Hozonkai).
Вторая мировая война практически уничтожила усилия кинологов-энтузиастов из Японии. Порода была практически утеряна. После войны состоялись новые поиски, Сиба Ину были привезены из удаленной сельской местности, работа по восстановлению маленькой японской собаки началась снова. Их поддерживали в НИППО.
Тогда разводили эту породу всего 3 организации. Они вели племенные книги и выдавали родословные. В 1928 г. организовали НИППО, в 1949 г. Японский кеннел клуб (JKC), который входит в международную кинологическую организацию FCI и в 1959 г. Сибахо. По стандартам, выставочными стали считать окрасы: рыжий, рыжий с кунжутным  и чёрно-подпалый. В Сибахо признавали эффектных белых сиба-ину.
Под эгидой НИППО проводили выставки. Судьи обращали внимание на правильное сложение головы и какого качества шерсть. В Японии были и карликовые сибы. Они в холке достигали всего от 19 до 30 см и весили примерно 3 кг. Но на них официально так и не сделали стандарт.